Penerapan sistem manajemen mutu di SMK Pelayaran Brajaguna Bangkalan berlokasi di Jl. Halim Perdana Kusuma Gg. Brajaguna Perum GOR SAKA Blok-D Bangkalan 69116 meliputi seluruh layanan pendidikan dan proses kegiatan belajar mengajar yang terdiri dari:
1. Pembelajaran di Ruang Kelas (Materi) /dan Online
2. Pembelajaran Praktek
3. Ulangan Harian
4. Ujian Tengah Semester
5. Ujian Akhir Semester
6. Remidi
7. Bimbingan Belajar Teori
8. Bimbingan Belajar Praktek
9. Diklat Keterampilan Pelaut
10. Uji Kompetensi Keahlian
11. Ujian Sekolah
12. Try Out Ujian Nasional
13. Ujian Nasional
14. Wisuda SMK
15. Diklat Laboratorium dan Simulator
16. Try Out Computer Based Assesment
17. Ujian Pra Prala
18. Prala (Praktek Laut)
19. Ujian Cadet Record Book
20. Ujian Pasca Prala
21. Wisuda Ahli Nautika Tingkat IV (ANT IV / Deck Officer Class IV)